Αναπτυξιακή μοριακή βιολογία φυτών

ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 1 Εισαγωγικές έννοιες 1.1. Η ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΦΥΤΩΝ 1.1.1. Ανάπτυξη του γαμετόφυτου 1.1.2. Ανάπτυξη του σποριόφυτου (εμβρυογένεση) 1.1.3. Βλάστηση - Πρωτογενής και δευτερογενής ανάπτυξη 1.2. ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΣ ΤΗΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΣΤΑ ΦΥΤΑ 1.3. ΜΟΡΙΑ ΣΙΝΙΑΛΑ ΣΤΗΝ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΦΥΤΩΝ 1.4. ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΕΝΟΣ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΣ ΘΑΝΑΤΟΣ ΣΤΑ ΦΥΤΑ (PCD) ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ 2 Γονιδιωματική των Ανώτερων Φυτών 2.1. ΠΕΡΙ ΔΟΜΗΣ ΤΟΥ ΦΥΤΙΚΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ 2.1.1. Η ποσότητα του DNA 2.1.2. Χρωμοσωματικές διαφοροποιήσεις και αποκλίσεις 2.1.3. Προέλευση της μεταβλητότητας του DNA 2.1.4 Μηχανισμοί που επηρεάζουν το μέγεθος του γονιδιώματος 2.1.5. Επιπτώσεις των πολλαπλών γονιδιωμάτων 2.2. Η ΒΑΣΙΚΗ "ΕΡΓΑΛΕΙΟΘΗΚΗ" ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΗΣ. EΞΑΓΩΓΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΑΠΟ ΤΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑ - ΚΑΤΑΤΜΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΕΣ 2.2.1. Οι μεθοδολογίες απομόνωσης και κλασμάτωσης των γονιδιωμάτων 2.2.1.1. Συστήματα κλωνοποίησης 2.2.1.2. Πλασμιδιακοί φορείς 2.2.1.3. Φορείς μεγάλων ενθέσεων 2.2.2. BACs και Φυσικοί Χάρτες (Physical maps) 2.2.3. BACs και Ολιγονουκλεοτίδια Overgo 2.2.4. Κλωνοποίηση cDNA 2.2.4.1. Αλληλούχιση με χρήση μεταθετών στοιχείων 2.2.4.2. Αλληλούχιση "πολυμερισμένων" cDNA, CCS 2.2.4.3. Αλληλούχιση με διαδοχικούς εκκινητές - "Primer Walking" 2.2.5. Διαφορική Απεικόνιση -" Differential Display" 2.2.5.1 Μικροσυστοιχίες DNA - "DNA Microarrays" 2.2.5.2. Γενικά χαρακτηριστικά των μικροσυστοιχιών Παραλληλία Μικροσκοπικοποίηση Multiplexing 2.2.5.3. Τεχνολογία των μικροσυστοιχιών Φωτολιθογραφία Μηχανική μικροακινητοποίηση (microspotting) Τεχνολογία ψεκασμού (inkjet) 2.2.5.4. DNA Μικροσυστοιχίες και φυτά Ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης Μικροσυστοιχίες και miRNA 2.3. ΜΟΡΙΑΚΟΙ ΧΑΡΤΕΣ 2.4. ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΕΙΚΤΩΝ 2.4.1. RFLPs - "Πολυμορφισμός Μήκους Θραυσμάτων" 2.4.2. RAPDs - "Ενίσχυση Τυχαίου Πολυμορφικού DNA" 2.4.3. Sequence-Tagged Sites (STS) - "Μικροπινακίδες αλληλουχιών" 2.4.3.1. Microsatellites - "Μικροδορυφόροι" 2.4.3.2. Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) 2.4.3.3. Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS) 2.4.3.4. Inter-simple Sequence Repeats (ISSRs) - "Ενδο-μικροδορυφορικές επαναλήψεις" 2.4.4. Στόχευση επαγόμενων μεταλλάξεων σημείου στο γονιδίωμα (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes -TΙLLING) 2.4.5. AFLPs 2.4.6. Κλασμάτωση γονιδιωμάτων 2.4.6.1. Βιβλιοθήκες με "Φιλτράρισμα μεθυλίωσης" - MF (Methyl-Filtration) 2.4.6.2. Βιβλιοθήκες Hi Cot 2.4.6.3. Συνδυασμός βιβλιοθηκών HC και ΜF 2.4.6.4. Βιβλιοθήκες από πέψη με ενδονουκλέασες ευαίσθητες στη μεθυλίωση (ΗΜPR) 2.4.6.5. Transposon Insertion Site Sequence 2.4.7. Expressed Sequence tags (ESTs) "Ετικέττες Μεταγραφόμενων Ακολουθιών" ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ 3 Μεθοδολογία στη μελέτη ανάπτυξης των φυτών 3.1 ΕΙΣΑΓΩΓΗ 3.2. ΠΡΟΤΥΠΑ ΜΟΝΤΕΛΑ ΣΤΗ ΜΕΛΕΤΗ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΤΩΝ ΦΥΤΩΝ 3.2.1. Zea mays 3.2.2. Arabidopsis thaliana 3.3. ΤΟ AGROBACTERIUM TUMEFACIENS 3.3.1 Γενικά 3.3.2. Αλληλεπίδραση φυτού - Αgrobacterium tumefaciens 3.3.3. Δράση των γονιδίων vir 3.3.4. Χρήση του συστήματος του Agrobacterium tumefaciens 3.4. ΓΟΝΙΔΙΑ "ΜΑΡΤΥΡΕΣ" (REPORTER GENES) 3.5. ΠΡΟΣΕΓΓΙΣΕΙΣ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΦΥΤΩΝ 3.5.1. "Προς τα εμπρός γενετική" (forward genetics): Εύρεση μεταλλαγμένων σειρών με συγκεκριμένο φαινότυπο 3.5.2. "Αντίστροφη γενετική" (Reverse Genetics): Εύρεση του μεταλλαγμένου φαινότυπου για ένα "γονίδιο στόχο" 3.5.2.1. Στοχευμένη με RNAi "αντίστροφη γενετική": Δημιουργία διαγονιδιακών σειρών μετα-μεταγραφικής γονιδιακής σίγησης (RNA gene silencing) για συγκεκριμένο γονίδιο 3.5.2.2. "Στόχευση επαγόμενων μεταλλάξεων σημείου στο γονιδίωμα" (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes - TILLING) 3.6. ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΕΝΩΝ ΣΕΙΡΩΝ 3.6.1. Γενετικές διασταυρώσεις 3.6.2. Επαναδιασταύρωση και συγκληρονομικότητα 3.6.3. Ανάλυση διάσχισης 3.6.4. Έλεγχος συμπληρωματικότητας 3.6.5. Δημιουργία και αναγνώριση διπλών και τριπλών μεταλλαγμάτων (double and triple mutants) 3.7. ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΕΝΩΝ ΣΕΙΡΩΝ 3.7.1. Παράμετροι αύξησης 3.7.2. Ορμονική απόκρ