Ο Ανδρέας Μαρκαντωνάτος γεννήθηκε στην Αθήνα, όπου και ολοκλήρωσε τις εγκύκλιες σπουδές του. Τελείωσε το Γενικό Λύκειο με άριστα το 1988 και φοίτησε στο Τμήμα Φιλολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών (1988-1993) απ' όπου πήρε πτυχίο με "λίαν καλώς". Έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, απ' όπου πήρε Master of Studies και D.Phil στην Κλασική Φιλολογία. Κέρδισε τριετή υποτροφία (1994-1997) από το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης ως επιβράβευση της εργασίας του για το Master. Υπηρέτησε τη στρατιωτική του θητεία (1999-2001) ως έφεδρος ανθυπολοχαγός Σώματος Υλικού Πολέμου. Είναι έγγαμος με ένα τέκνο. Η διδακτορική του εργασία "Tragic Narrative. A Narratological study of Sophocles' Oedipus at Colonus" εκδόθηκε από τον εκδοτικό οίκο Walter de Gruyter (Berlin και N. York, 2002). Έχει δημοσιεύσει άρθρα και βιβλιοκρισίες πάνω σε θέματα Κλασικής Φιλολογίας. Κατέχει άριστα την Αγγλική Γλώσσα και χειρίζεται επαρκώς τη γερμανική και Γαλλική. Υπηρέτησε ως καθηγητής φιλολογίας στο Κλασικό Λύκειο Αρσακείου (2001-2002). Υπηρέτησε ως προσωρινός Λέκτορας Κλασικής Φιλολογίας (Ν. 407) στο Πανεπιστήμιο της Κρήτης (Τμήμα Ελληνικής Φιλολογίας, Ρέθυμνο).
