Ο Γιάννης Παπαθανασίου γεννήθηκε στην Αθήνα το 1954. Σπούδασε Ηλεκτρολόγος-Μηχανολόγος στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Μιλάει αγγλικά, γαλλικά και γερμανικά.
Από πολύ νέος δραστηριοποιήθηκε στο εμπόριο τεχνολογικού εξοπλισμού κτιρίων στην οικογενειακή του επιχείρηση, μέχρι το 2002, οπότε και, βάσει της τότε συνταγματικής επιταγής, επέλεξε να ασχοληθεί αποκλειστικά με την πολιτική.
Από το 1988 έως το 1993 διετέλεσε Γενικός Γραμματέας του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Αθηνών και στη συνέχεια, από το 1993 έως το 2000, Πρόεδρός του, οπότε και παραιτήθηκε, διότι εξελέγη βουλευτής Επικρατείας της ΝΔ. Εξελέγη βουλευτής Β/ Αθηνών στις εκλογές 2004, 2007, 2009 και Μαΐου 2012. Από 13/4/2004 μέχρι 16/9/2007 διετέλεσε Υφυπουργός Ανάπτυξης και από 19/9/2007 μέχρι 7/1/2009 Υφυπουργός Οικονομίας και Οικονομικών. Από 8/1/2009 μέχρι 4/10/2009 ανέλαβε Υπουργός Οικονομίας και Οικονομικών. Από 27/2/2014 μέχρι 4/5/2015 διετέλεσε Πρόεδρος στα ΕΛΠΕ.
Ο Γιάννης Παπαθανασίου έχει δύο κόρες.
